Di grande attrazione è la "riserva dello Stagnone" dove sorgono le saline e i Mulini, nonché l'arcipelago delle isole, tra cui Mothia.

Lo Stagnone è una laguna diventata riserva naturale perché habitat ideale di riproduzione e di ristoro per tantissime specie animali; tra queste i fenicotteri rosa che sempre più spesso - e in gruppi sempre più numerosi - scelgono lo stagnone ed in particolare l'Isola Grande (comunemente conosciuta come Isola Lunga) come luogo di riposo.

Lo stagnone è uno dei pochissimi habitat naturali al mondo per la Posidonia, una rara qualità di alga marina, simile all'erbetta da giardino. Nei momenti di bassa marea, lo stagnone si trasforma in una immensa praterica, quasi come un campo di calcio in mezzo al mare.

Territorio
Si estende sulla costa occidentale della Sicilia nel territorio del comune di Marsala, nel tratto di mare compreso tra capo San Teodoro e capo Boeo o Lilibeo.

La riserva prende il nome dallo "Stagnone" una laguna, la più vasta della Sicilia, caratterizzata da acque basse (1-2 m e spesso non più di 50 cm) e compresa tra le quattro isole di San Pantaleo (Mozia), Isola Grande, Schola e Santa Maria. La laguna si è formata in tempi relativamente recenti (non esisteva all'epoca della colonizzazione fenicia di Mozia) in seguito ai movimenti della sabbia dovuti alle correnti sottomarine che hanno creato l'Isola Grande intorno a due originari isolotti. La nascita dell'isola ha chiuso una parte di mare in origine aperta e qui, non essendoci correnti necessarie al ricambio, l'acqua è divenuta stagnante, con una temperatura al di sopra del normale.

L'attività principale dello Stagnone era quella delle saline che si esercitava facendo evaporare l'acqua incanalata in speciali laghetti, per poi raccogliere il sale. Il pompaggio dell'acqua e la macinazione del sale erano svolte per mezzo di mulini, alcuni ancora conservati.

Le isole dello Stagnone

L'Isola Grande o Isola Lunga è l'affioramento sabbioso più grande dello Stagnone. La sua formazione, piuttosto recente, ha dato origine alla laguna. Era formata da due isolotti rocciosi, che si unirono formando la lunga isola, probabilmente per l'allargamento dei depositi di sale molto sfruttati dai Fenici. Vi si trovano oggi alcune saline in stato di abbandono, un bosco e alcune spiagge di sabbia fine. Ospita una delle poche popolazioni esistenti di Calendula maritima.
 
Schola è la più piccola delle isole dello Stagnone (forma ovale di circa 80 x 50 m), collocata tra Mozia e l'Isola Grande. Durante il periodo romano vi era una scuola di retorica, dalla quale deriva il toponimo. Attualmente vi si trovano tre edifici degli anni '30 ed una cisterna, il tutto in stato di abbandono. L'isola è di proprietà del comune di Marsala.

Santa Maria è un'isola a nord dello Stagnone a forma di laccio. Il nome deriva dal santuario di Santa Maria Valleverde.

Mozia (oggi S.Pantaleo) è la più importante delle isole dello Stagnone dal punto di vista paesaggistico e archeologico. Antica colonia fenicia, ha una forma circolare.

Flora
La vegetazione della riserva è caratterizzata dalla presenza di specie xerofile adattate all'alto grado di salinità tra cui vanno ricordate la suaeda (Suaeda maritima), l'atriplice (Atriplex halimus), la salicornia glauca (Arthrocnemum glaucum) e la salicornia strobilacea (Halocnemum strobilaceum), la logliarella ricurva (Parapholis incurva), varie specie di limonio (Limonium serotinum, Limonium ferulaceum), l'erba cristallina (Mesembryanthemum nodiflorum), il giglio di mare (Pancratium maritimum) e l'eringio marino (Eryngium maritimum). Meritano inoltre un cenno la Calendula maritima, un raro endemismo di questo tratto della costa della Sicilia occidentale, e l'Anemone palmata, una ranunculacea che cresce su substrato sabbioso, presente in Italia esclusivamente in Sicilia occidentale e Sardegna.